Nei sotterranei della basilica di S. Giovanni si conservano i resti di antichi edifici costruiti in periodi precedenti la basilica cristiana. In età romana il Laterano era un'appendice del Celio ai confini con l'Esquilino; si trovava al di fuori della cinta muraria di età repubblicana ma all'interno delle mura aureliane, delle quali vediamo la porta Asinaria in p.le Appio.
 
Il toponimo Laterano coincide con un cognomen – il soprannome in latino - conosciuto in relazione a due personaggi. Il primo, Plauzio Laterano, partecipò alla congiura dei Pisoni, che va considerata come un vero tentativo di colpo di stato contro Nerone imperatore (54-68 d.C.); il complotto fallì e i beni dei congiurati passarono nel demanio imperiale. Il secondo invece, Sestio Laterano, fu amico dell'imperatore Settimio Severo (193-211 d.C.) e da questi ricevette in dono un'abitazione lussuosa definita “domus Parthorum”, cioè la casa dei Parti, dove forse venne ospitato o meglio, quasi tenuto in ostaggio qualche dignitario di quel popolo che fu in guerra continua con i Romani. Leggerete il nome di Sestio Laterano su un capitello visibile negli scavi, relativo ai Castra Nova Equitum Singularium.
 
In questi termini si indicava la caserma dei cavalieri scelti come guardia del corpo dell'imperatore, i quali avevano i loro alloggi presso le attuali v. T. Tasso/v. Emanuele Filiberto. Fu proprio Settimio Severo a decidere di spianare per circa un ettaro questa area del Laterano e costruire per loro una nuova sede: una serie di corpi di fabbrica suddivisi all'interno in piccole stanze dall'intonaco rosso, delle quali rimangono ancora mura, soglie e stipiti delle porte. Al centro della caserma c'era anche un ambiente destinato al culto dell'imperatore, o meglio alla parte divina presente nella sua persona. Tale sentimento religioso, infatti, era assai sentito da coloro che tutelavano la persona fisica degli imperatori romani.
 
Prima di queste costruzioni, si trovavano qui diverse case di livello sociale elevato; demolite da Settimio Severo, sono sopravvissute a livello dell'interrato dei Castra e se ne possono ammirare ancora le pitture (figure in volo, nature morte), i mosaici, una scala con gradini di marmo perfettamente conservati.
Saranno questi i resti archeologici più antichi, che i visitatori incontreranno sotto la basilica. La visita è resa possibile dal fatto che nel corso dei secoli l'intero complesso lateranense necessitò anche di consolidamenti nelle fondazioni. Appunto in queste occasioni vennero liberati dalle terre che li riempivano molti degli ambienti che oggi possiamo percorrere.

Sull'area archeologica si veda il volume: Paolo Liverani (a cura di), Laterano 1. Scavi sotto la Basilica di S. Giovanni in Laterano. I materiali, Città  del Vaticano, 1998