La facciata settentrionale aveva, già prima del secolo X, due torri a difesa: una campana -la più antica di Roma- fusa nel 968 era in una torre. Giovanni XIII (965-972) trasformò le torri in campanili, che Innocenzo III rinforzò e dotò di quattro campane dei secoli XII-XIII. Giovanni Diacono non fa cenno alcuno sull'esistenza di questa terza porta basilicale (la quarta è quella aperta da Domenico Fontana per collegare il quadriportico del Palazzo Apostolico con l'aula basilicale) forse perché priva di quella solennità postulata dall'Arcibasilica. L'accertata presenza delle due torri intorno alla metà del secolo X fa presumere che un accesso basilicale doveva esserci e che le due torri potrebbero essere state messe a guardia proprio di questo accesso.

Gregorio XI (1370-1378) ricostruì in mattoni la facciata settentrionale, la dotò di portale gotico sormontato da rosone, fiancheggiato da due colonne con leoni stilofori di marmo e conservò i due campanili, come rammentato dal coevo stemma-edicola tuttora esistente nel portico di S. Angelo nell'Ospedale di S. Giovanni al Laterano. Sotto il portico sistino (ingresso di destra) vi è una copia di marmo della bolla emanata dal Gregorio XI nel 1372 -appena rientrato da Avignone in Roma- per confermare il primato universale dell' Arcibasilica lateranense su tutte le chiese. Pio IV (1560-1565) nobilitò la facciata gregoriana con l'attico fra i due campanili, che è stata raffigurata nelle porte di bronzo della cappella di S. Giovanni Battista nel Battistero Costantiniano. A sinistra del porticato vi è la statua di bronzo ad Enrico IV (1553-1610), re di Francia, dello scultore Niccolò Cordieri (Cordier) detto Franciosino (1567-1612), uno degli scultori antesignani più dotati del barocco, innalzata dal Capitolo Lateranense per gratitudine della donazione dell'abbazia di S. Pietro di Clairac (diocesi di Agen) con le pertinenze e del conferimento delle giurisdizioni feudali (Fontainebleau 22 settembre 1604), confermata da Paolo V, l’11 ottobre 1605, con la In sacra Petri sede. La Rivoluzione Francese ha soppresso ogni rapporto feudale di Clairac con il Capitolo Lateranense, ma ciononostante Pio VII ha mantenuto la dignità di protocanonico alla Casa Reale, della quale ha riconosciuto come successore il Presidente della Repubblica Francese.

Ad abbellire la Loggia delle Benedizioni ci sono anche una serie di affreschi realizzati tra il 1587 ed il 1588, opere che furono realizzate da un gruppo di pittori con a capo Giovanni Guerra e Cesare Nebbia.
Nel portico al piano terra sono rappresentati la Vergine, gli Apostoli,i Profeti, i Papi,Vergini,Martiri,Confessori ed i Nove Ordini Angelici.
Nella parte superiore sono rappresentate le Storie di San Pietro, Storie del Vecchio Testamento,figure di Angeli Musici o Vittorie, Allegorie, Storie di Costantino ed i Dottori della Chiesa latina e greca.
Inoltre e’ presente il ritratto monumentale del Pontefice benedicente in trono, attorniato da cardinali.

Clemente VIII, per abbellire la piazza antistante la facciata settentrionale, fece costruire a spese del Capitolo Lateranense, presso l'obelisco innalzato da Sisto V, una fontana da alimentarsi con l'acqua Felice, di proprietà lateranense. Il Capitolo, portati a termine i lavori nel 1606, vi collocò una statua di S. Giovanni Evangelista, scolpita dal fiorentino Taddeo Landini (1550-1596).
La successione di un'aquila ad ali spiegate alla statua diede alla fontana il titolo di "Fontana dell'aquila". La presenza dell'aquila con due draghi, che sono elementi araldici del blasone di Paolo V (1605-1621), ed il fatto che la fontana fu portata a termine nel 1606, compimento del primo anno di pontificato Paolo V, lasciano presumere che si sia trattato di un omaggio del Capitolo Lateranense al nuovo papa. Il Capitolo però non dimenticò Clemente VIII: sul bordo della parete dorsale di travertino, elevata a nobile interrompimento con la base dell'obelisco ed a protezione dell'aquila e dei draghi, fece incidere a bassorilievo gli elementi araldici del pontefice: banda doppia merlata alla guelfa con stelle ad otto punte ordinate in banda tre a tre.