Il Cardinale Juan Luis Cipriani Thorne, Arcivescovo emerito di Lima, è nato il 28 dicembre 1943 a Lima, quarto di undici fratelli. I suoi genitori, sono stati Soprannumerari dell'Opus Dei. Ha compiuto gli studi elementari e secondari inferiori nel collegio Immaculado Corazón (1949-1953) e quelli secondari superiori nel collegio Santa María (1954-1960), dove ha completato la sua formazione religiosa, inculcatagli fin da bambino nel focolare domestico.

Da ragazzo ha svolto un'intesa attività sportiva, come giocatore di pallacanestro. È stato campione interscolastico peruviano nella squadra del collegio Santa María di Lima (1960); titolare della squadra Social Lince, della categoria superiore di pallacanestro peruviana (1960); componente della squadra peruviana che ha ottenuto il primo posto nel campionato bolivariano di Barranquilla, in Colombia (1961); membro della squadra peruviana che ha giocato nel campionato bolivariano straordinario di Cúcuta, in Colombia (1962); membro della squadra nazionale del Perù che ha compiuto una tournée negli Stati Uniti, con l'allenatore nordamericano McGregor, per perfezionare il livello sportivo della pallacanestro peruviana (1963); membro della squadra nazionale vice-campione del Campionato Sudamericano di Lima (1963); campione universitario come componente della squadra dell'Università Nazionale di Ingegneria (1965); nella squadra titolare del club Social Lince campione della categoria superiore negli anni 1965, 1966 e 1967; membro della squadra peruviana che ha partecipato ai Giochi Panamericani di Winnipeg, in Canada (1967); componente della squadra peruviana che ha giocato nel Campionato Sudamericano di Montevideo, quando hanno ottenuto il primo posto alla pari Argentina, Brasile, Uruguay e Perù (1969); allenatore del club Social Lince e della Selezione Nazionale di Pallacanestro nel secondo lustro degli anni '60.

Ha studiato Ingegneria Industriale nell'Università Nazionale d'Ingegneria (1961-1966). Ha chiesto di essere ammesso nella Prelatura dell'Opus Dei il 10 giugno 1962. Ha lavorato come ingegnere a Lima (1967-68) e a Cañete, nell'Istituto Rurale Valle Grande (1968-1974), per poi recarsi a Roma, al fine di studiare nel Seminario internazionale della Prelatura dell'Opus Dei a Roma (Italia) e nell'Università di Navarra (Spagna), conseguendo il titolo di Dottore in Teologia.

Dopo essere stato ordinato sacerdote nella Basilica di San Miguel a Madrid, in Spagna, il 21 agosto 1977, si è dedicato al lavoro pastorale a Lima. È stato professore di Teologia Morale presso la Facoltà Pontificia e Civile di Teologia di Lima, Direttore Spirituale nel Seminario di Lima (1981-1983), Cappellano e Professore della Scuola di Direzione (PAD) a Lima, con il tema Etica Imprenditoriale, Cappellano e Professore della Scuola Superiore Montemar a Lima, prima di essere nominato Vicario Regionale dell'Opus Dei in Perù e Vice Cancelliere dell'Università di Piura (1986-1988).

Nominato da Giovanni Paolo II Vescovo ausiliare di Ayacucho il 23 maggio 1988, è stato ordinato Vescovo nella cattedrale di Lima dal Cardinale Juan Landázuri Ricketts, il 3 luglio successivo. È stato eletto dalla Conferenza Episcopale Peruviana Presidente della Commissione Episcopale di Evangelizzazione e Catechesi (1988-1991). Alla rinuncia da parte dell'Arcivescovo di Ayacucho, Monsignor Federico Richter, il 31 maggio 1991, è stato Amministratore Apostolico di Ayacucho, per incarico della Santa Sede, per poi venir nominato Arcivescovo di detta Arcidiocesi. Ha preso possesso dell'incarico in una solenne cerimonia nella cattedrale di Huamanga il 13 maggio 1995. Ha ricevuto il Pallio arcivescovile a Roma, il 29 giugno di quello stesso anno, da Papa Giovanni Paolo II. Mentre era ancora in quella Arcidiocesi delle Ande sudamericane, è stato nominato Consultore della Congregazione per il Clero (1990-1999).

Garante in rappresentanza della Santa Sede e Coordinatore della Commissione dei Garanti, durante la crisi degli ostaggi nella residenza dell'ambasciatore del Giappone a Lima (dicembre 1996 - aprile 1997), ha svolto un'intensa opera pastorale con i giapponesi e i peruviani che hanno subito maltrattamenti in quel drammatico episodio, amministrando sacramenti e celebrando la Santa Messa.

Promosso Arcivescovo di Lima e Primate del Perù il 9 gennaio 1999, ha preso possesso dell'incarico il 30 gennaio dello stesso anno, in una cerimonia svoltasi nella cattedrale della città, insieme a tutto l'Episcopato peruviano, che si è unito a lui in quell'atto liturgico. Ha ricevuto il Pallio arcivescovile per la seconda volta a Roma il 29 giugno 1999, sempre da Papa Giovanni Paolo II.

Gran Cancelliere della Pontificia Università Cattolica del Perù, il 24 marzo 1999 ha ricevuto la medaglia che lo riconosce come tale. Nel gennaio 2000 è stato eletto secondo vicepresidente della Conferenza Episcopale Peruviana e Presidente della Commissione Episcopale di Educazione.

La sua attività intellettuale e accademica si è concretizzata nella pubblicazione dei seguenti libri: «La virtud de la prudencia en Santo Tomás» (La virtù della prudenza in San Tommaso), Tesi Dottorale, pubblicata sulla rivista di Teologia di Lima; «Personalidad y amor Conyugal» (Personalità e Amore Coniugale), saggio sul tema della famiglia; «La paz, fruto de la solidaridad. Reflexiones sobre la necesaria solidaridad cristiana» (La pace, frutto della solidarietà. Riflessioni sulla necessaria solidarietà cristiana), Ayacucho, dicembre 1991; «Catecismo de Doctrina Social» (Catechismo della Dottrina Sociale), pubblicato a Lima con il sottotitolo di «Conoce tus derechos» (Conosci i tuoi diritti), Editorial Navarrete, 1987, e riedito a Lima dalla Serie Populíbros nel 1989 e a Madrid da Libros MC (3 edizioni, 1988, 1990 e 1992), con oltre 50.000 copie vendute; «La Evangelización de Huamanga en los siglos XVI, XVII y XVIII» (L'evangelizzazione di Huamanga nei secoli XVI, XVII e XVIII), Parole di Apertura del Simposio, Ayacucho, 1992; «La Natalidad a la luz del Magisterio Católico» (La Natalità alla luce del Magistero Cattolico), Ayacucho, 1995; «Educación Familiar» (Educazione Familiare), testo scolastico, Lima, 1996 (2° edizione 1998), con ventimila copie vendute; «Testigos vivos de Cristo. Desde la Catedral de Huamanga» (Testimoni vivi di Cristo. Dalla Cattedrale di Huamanga), raccolta di trenta omelie pronunciate durante la messa domenicale nella cattedrale di Ayacucho, Realidades, Lima, 1998 (due edizioni esaurite in quello stesso anno).

La Collezione Nuova Evangelización ha raccolto le seguenti opere scritte quando era già Arcivescovo di Lima: Omelia «No he venido a ser servido sino a servir» (Non sono venuto per esser servito, ma per servire); Discorso «La Institución universitaria: Unidad y Fundamento» (L'Istituzione universitaria: Unità e Fondamento); Lettera Pastorale «Para que tenga vida y la tengan en abundancia» (Perché abbiano la vita e l'abbiano in abbondanza); Messaggio Giubilare «Nostalgia de Dios» (Nostalgia di Dio); Messaggio alle Fraternità «La religiosidad popular» (La religiosità popolare); Lettera Pastorale «La Caridad de Cristo nos urge» (L'amore di Cristo ci spinge); Omelia «La urgente búsqueda del bien común» (L'urgente ricerca del bene comune); Omelia «Tiempo de esperanza. Cuatro homilías de Adviento» (Tempo di speranza. Quattro omelie di Avvento), Edizioni Paoline e Salesiane.

Ha scritto anche numerosi articoli su vari giornali di Lima (El Comercio, El Sol, Expreso, La República) e su diverse riviste specializzate in Teologia (Ateneo Latinoamericano, Rivista del Seminario di Santo Toribio de Lima). Ha inoltre tenuto conferenze su etica e morale in diversi forum del Perù (CADE, Arequipa, 1991 e altri organizzati da IPAE; esposizione «La cultura del Trabajo y la Solidaridad» (La Cultura del Lavoro e la Solidarietà), 27 novembre 1998, presso Il Congresso della Repubblica, invitato dalla Commissione di Educazione e Cultura) e nelle università statunitensi di Harvard, Princeton, Chicago, fra le altre, su temi teologici e morali, e a Tokio, dove è stato invitato dal Governo giapponese nel 1998. Ha anche partecipato, come membro della delegazione episcopale peruviana, alla Conferenza Episcopale Latinoamericana di Santo Domingo, organizzata dal CELAM nel 1992.

È stato Membro del Consiglio di Cardinali per lo studio dei problemi organizzativi ed economici della Santa Sede.

Ha partecipato al conclave dell’aprile 2005 che ha eletto Papa Benedetto XVI e al conclave del marzo 2013 che ha eletto Papa Francesco.

Da S. Giovanni Paolo II creato e pubblicato Cardinale nel Concistoro del 21 febbraio 2001, del Titolo di San Camillo de Lellis.