La Commission pontificale "Ecclesia Dei" a été instituée par Jean-Paul II avec le Motu proprio du 2 juillet 1988 avec la « la mission de collaborer avec les évêques, les dicastères de la Curie romaine et les milieux intéressés, dans le but de faciliter la pleine communion ecclésiale des prêtres, des séminaristes, des communautés religieuses ou des religieux individuels ayant eu jusqu’à présent des liens avec la Fraternité fondée par Mgr Lefebvre et qui désirent rester unis au successeur de Pierre dans l’Église catholique ».

En vertu des facultés attribuées par les Souverains Pontifes, la Commission pontificale exerce l’autorité du Saint Siège sur divers instituts et communautés religieuses érigés par elle, qui ont pour rite propre la "forme extraordinaire " du rite romain et pratiquent les traditions précédentes de la vie religieuse.

La Commission pontificale s’occupe de la charge pastorale des fidèles liés à la tradition latine précédente, présents dans diverses parties du monde, qui trouvent en elle un point de référence pour leurs nécessités.

La lettre apostolique Motu proprio "Summorum Pontificum" de Sa Sainteté Benoît XVI, publiée le 7 juillet 2007, a amplifié les facultés de la Commission pontificale, affirmant que « cette commission, outre les facultés dont elle jouit déjà, exercera l’autorité du Saint-Siège en veillant à l’observance et à l’application de ces dispositions » (art. 12).

La même Lettre apostolique du Saint-Père Benoît XVI prévoyait que la Commission « aura la forme, la charge et les normes que le Pontife romain lui-même voudra lui attribuer » (art. 11).

Avec la Lettre apostolique Motu proprio "Ecclesiae unitatem" promulguée le 2 juillet 2009, Sa Sainteté a actualisé la structure de la Commission pontificale "Ecclesia Dei" afin de l’adapter à la nouvelle situation créée par la levée de l’excommunication (21 janvier 2009) des quatre évêques consacrés par l’archevêque Lefebvre. Cette rémission a été une mesure dans le domaine de la discipline canonique pour libérer les personnes du poids de la censure ecclésiastique la plus grave, tout en étant conscient que les questions doctrinales demeurent et qu’aussi longtemps qu’elles ne seront pas clarifiées, la "Fraternité sacerdotale Saint Pie X" ne peut jouir d’un statut canonique dans l’Église et ses ministres n’exercent aucun ministère de manière légitime dans l’Église. Étant donné que les problèmes sont de nature essentiellement doctrinale, le Saint-Père a décidé de relier de manière étroite la Commission pontificale "Ecclesia Dei" à la Congrégation pour la doctrine de la foi.

Selon le Motu proprio, la Commission pontificale "Ecclesia Dei" conserve sa configuration actuelle avec certaines modifications dans sa structure :

1) Le président de la Commission est le préfet de la Congrégation pour la doctrine de la foi.

2) la Commission a son propre organigramme, composé d’un secrétaire et d’officiaux.

3) Il reviendra au cardinal président, assisté par le secrétaire, de soumettre les cas principaux et les questions à caractère doctrinal à l’étude et au discernement des instances ordinaires de la Congrégation pour la doctrine de la foi, ainsi que de soumettre les résultats aux dispositions supérieures du Souverain Pontife.

Avec le nouveau Motu proprio, le Saint-Père a voulu faire preuve d’une sollicitude paternelle particulière à l’égard de la "Fraternité sacerdotale Saint Pie X" dans le but de dépasser les difficultés qui subsistent pour parvenir à la pleine communion avec l’Église.

Le Président est S.E. Mgr Luis Francisco LADARIA FERRER, S.I..

Le Vice-Président est Le Secrétaire est S.E. Mgr. Guido Pozzo.